山号を専せん円山えんざんと称し、祐念ゆうねん法師により、元げん和な元年（1615年）、下谷黒鍬くろくわ町（現在の台東区北上野）に開創されました。
以来三度の移転を経て、幕末の安政年間（1854～1860年）現在の地に落ち着いております。

ご本尊に阿弥陀如来を崇め、東京浅草の東本願寺を本山に頂いております。

現在の住職の血筋は、14世観かん明みょう法師に始まります。法師は明治6年（1873年）近くの入にゅう楽らく寺（現世田谷区北烏山）より入寺しますが、42歳で没してしまいます。
この皆応寺を興隆させたのはその長男藤井義よし雄おでした。明治29年（1896年）19歳で15世住職となると、東本願寺の浅草別院を中心にして活躍し、晩年には別院の補番（副輪番）を勤めます。
また師の人柄を慕って、檀信徒もその数を増してゆきました。けれども一方ではこの時期大きな困難に直面します。大正12年（1923年）の関東大震災で火災を受け、一旦は復興したものの、昭和20年（1945年）の東京大空襲で米軍の空襲をうけて、山門と塀だけを残し全焼してしまいます。

その後昭和38年（1963年）16世住職藤井義ぎ一いち（義雄の弟）の時に本堂が鉄筋コンクリートで再建され、また昭和62年（1987年）には、現住職藤井哲雄（義一の孫）のもとで、客殿庫く裡りが鉄筋コンクリート4階建てで完成して、今日に至っています。